Η κλειστή θάλασσα μεταξύ της Ευρωπαϊκής και Ασιατικής ηπείρου, ονομάστηκε αρχικά από τους Έλληνες Άξενος Πόντος, δηλαδή αφιλόξενη θάλασσα. Στη συνέχεια, κατ’ ευφημισμό το επίθετο Άξενος μετατράπηκε σε Εύξεινος, που σημαίνει φιλικός, ενώ απαντά επίσης και η μονολεκτική ονομασία Πόντος.

Πόντος, σημαίνει την ανοικτή θάλασσα, το ωκεανό. Η λέξη απαντά στην ποίηση αντί των θάλασσα και πέλαγος. Το ουσιαστικό πόντος χρησιμοποιεί ο Όμηρος, όταν αναφέρεται στη θάλασσα, ιδιαιτέρως στο ανοιχτό πέλαγος, πόντου Ἰκαρίοιο (Όμηρος, Ιλιάδα ΙΙ. 2. 145). Η ελληνική λέξη πόντος συγγενεύει με άλλες ινδοευρωπαϊκών γλωσσών που σημαίνουν γέφυρα, πέρασμα ή δρόμος. Με αυτή την έννοια ο Εύξεινο Πόντος θεωρήθηκε η γέφυρα επικοινωνίας του ελληνικού κόσμου με την περιοχή στα βορειοανατολικά του Αιγαίου.

Παραμένει αδιευκρίνιστο πότε ακριβώς συνέβη η μεταβολή του επιθέτου στην ονομασία του Πόντου. Ο Πίνδαρος φέρεται να χρησιμοποιεί και τα δύο επίθετα, ἐπ᾽ Ἀξείνου στόμα πεμπόμενοι ἤλυθον (Πίνδαρος, Πυθ. Δ’ 203-204) και ἐν δ᾽ Εὐξείνῳ πελάγει φαεννὰν Ἀχιλεὺς νᾶσον (Πίνδαρος, Νεμ. Δ’ 49-50). Η επικράτηση επομένως, του επιθέτου Εύξεινος θα πρέπει να τοποθετηθεί στην εποχή του ποιητή, τον 5^ο αιώνα π.Χ.

Η στενότητα των στενών του Βοσπόρου και η δυσκολία των ναυτικών να τον διαπλεύσουν, τα έντονα ρεύματα και οι σφοδροί άνεμοι, που επικρατούν στα νερά του Ευξείνου Πόντου και δυσχεραίνουν την πλεύση αλλά και οι βάρβαροι και αφιλόξενοι λαοί που κατοικούσαν στις ακτές του, ήταν οι λόγοι για τους οποίους, σύμφωνα με τον Στράβωνα, η θάλασσα θεωρήθηκε αρχικά αφιλόξενη και της αποδόθηκε το επίθετο ἂξενος. Καὶ καλεῖσθαι Ἄξενον διὰ τὸ δυσχείμερον καὶ τὴν ἀγριότητα τῶν περιοικούντων ἐθνῶν καὶ μάλιστα τῶν Σκυθικῶν, ξενοθυτούντων καὶ σαρκοφαγούντων (Στράβων, Γεωγραφία VII 3.6.).

Η χρήση του επιθέτου Άξενος στην ονομασία του Πόντου, οφείλεται σύμφωνα με μία διαφορετική θεωρεία, στο σκούρο χρώμα των νερών του. Οι υποστηρικτές της παραπάνω άποψης θεωρούν πως το όνομα της θάλασσας προέρχεται από την ιρανικής προέλευσης λέξη axšaina, που σημαίνει ο σκουρόχρωμος, ο μαύρος.

Κατά τον Στράβωνα τον Άξενο Πόντο κατέστησαν από αφιλόξενο, φιλικό οι Ίωνες, οι οποίοι εφόσον κατάφεραν να ξεπεράσουν τις δυσκολίες και να πλεύσουν στα νερά του, ίδρυσαν τις πρώτες ελληνικές αποικίες κατά μήκος των ακτών δηλαδή φιλόξενος, ὕστερον δ᾽ Εὔξεινον κεκλῆσθαι τῶν Ἰώνων ἐν τῇ παραλίᾳ πόλεις κτισάντων (Στράβων, Γεωγραφία VII 3.6.). Αφότου ο Άξενος Πόντος μετετράπη σε φιλόξενη και προσιτή θάλασσα του αποδόθηκε κατά τη συνήθεια του ευφημισμού, το επίθετο εύξεινος.

Ο Εύξεινος Πόντος, ήδη κατά την αρχαιότητα ονομαζόταν, επίσης, απλώς Πόντος. Φαίνεται πως η ονομασία αυτή επικράτησε καθώς, στη συνείδηση των αρχαίων ελλήνων θεωρούταν η μεγαλύτερη θάλασσα, καὶ γὰρ μέγιστον τῶν καθ᾽ ἡμᾶς ἐνομίζετο, καὶ διὰ τοῦτο κατ᾽ ἐξοχὴν ἰδίως πόντον (Στράβων, Γεωγραφία Ι.2.19).

Η μονολεκτική ονομασία Πόντος, χρησιμοποιούταν επίσης, προκειμένου να προσδιορίσει τα νότια παράλια του Ευξείνου Πόντου. Σύμφωνα με μία θεωρεία, το όνομα Πόντος είναι ενδεχομένως η συντομογραφία της έκφρασης ἐν τοῖς προς τῷ Πόντῳ παραλίοις. Ο Ξενοφώντας κάνει χρήση της ονομασίας Πόντος, προκειμένου να αναφερθεί στις περιοχές που επισκέφθηκε κατά την επιστροφή του στην Ελλάδα, ὄντας δ᾽ ἐν τῷ Πόντῳ (Ξενοφών, Ανάβασις V 6.15).

Τον 13^ο αιώνα εισήχθη από Τατάρους και Μογγόλους η ονομασία Kara Beniz, που σημαίνει Μαύρη Θάλασσα. Σύμφωνα με τη δημοφιλέστερη άποψη το σκούρο χρώμα των νερών και το σκούρο, σχεδόν μαύρο χρώμα των πυκνών δασών που φύονται σε κοντινή απόσταση από τις ακτές οδήγησαν στην υιοθέτηση του επιθέτου μαύρος. Σύγχρονοι μελετητές, ωστόσο, αποδίδουν τη χρήση του επίθετου μαύρος σε ένα σύστημα συμβολισμού των χρωμάτων των λαών της Ανατολής, όπου τα σημεία του ορίζοντα αντιστοιχούν σε συγκεκριμένα χρώματα. Σύμφωνα με αυτό, η θάλασσα στα βόρεια ονομάστηκε Μαύρη Θάλασσα, η θάλασσα στα δυτικά, το Αιγαίο δηλαδή, Λευκή (Ak Deniz) και αυτή στο Νότο, Ερυθρά Θάλασσα (Kızıl Deniz).

Στην αρχαία γραμματεία και κυρίως στην ποίηση απαντούν, επίσης, οι ονομασίες Πόντος Μέλας, Pontus Scythicus, Mare Ponticum, Mare Sarmaticum και Pontus Tauricus.