Η αυτοκρατορία της Τραπεζούντας ήταν συνέπεια της ταραγμένης εποχής πριν από την καταστροφή του 1204. H αυτοκρατορική οικογένεια της Τραπεζούντας ανέρχεται στους Κομνηνούς της Κωνσταντινούπολης. Οι δύο ανήλικοι εγγονοί του Ανδρόνικου Α΄ Κομνηνού, Αλέξιος και Δαυίδ, λίγο πριν την πτώση του 1204, με τη βοήθεια βασίλισσας των Ιβήρων, Θάμαρ (περίοδος βασιλείας: 1184 – 1213), κατέλαβαν την Τραπεζούντα και ίδρυσαν το ανεξάρτητο κράτος των Κομνηνών. Από το 1204 έως το 1214 η αυτοκρατορία βρισκόταν στην εποχή της σύστασής της με επιδίωξη την αποκατάσταση του Βυζαντίου έως ότου νικήθηκε από τον στρατό της Νίκαιας και περιορίστηκε στον Πόντο. Η κατάκτηση της Σινώπης από τους Σελτζούκους (1214), χώρισε τα δύο μικροασιατικά ελληνικά κράτη. Από το 1214 ως το 1280 η αυτοκρατορία αγωνίζεται εναντίον του σουλτανάτου των Ρούμ, τον σάχη της Χορασμίας και τους Ιλχανίδες. Μετά από νίκη επί των Σελτζούκων το 1230 η Τραπεζούντα έπαυσε να εξαρτάται από το Ικόνιο, αναγνώρισε όμως το 1246 την υποτέλειά της στους Ιλχανίδες. Το 1282 οι Κομνηνοί παραιτούνται από τον τίτλο του βασιλέως των Ρωμαίων και το Βυζάντιο αναγνωρίζει την αυτονομία τους. Από τους αυτοκράτορες της Τραπεζούντας, ο Αλέξιος Β΄, που ανέβηκε στον θρόνο το 1297, θεωρήθηκε από τους συγχρόνους του μεγάλος ηγέτης, που πήρε μυθικές διαστάσεις στη λαϊκή φαντασία.

Η γεωγραφική θέση της Τραπεζούντας εξασφάλιζε την οικονομική άνθιση της περιοχής. Έτσι, καθόλη τη διάρκεια του Ιλχανάτου, το εμπόριο από τις Ινδίες και την Ερυθρά περνούσε τώρα από την Τραπεζούντα, ενώ οι κτήσεις της αυτοκρατορίας στην Περατεία (Κριμαία) βοηθούσαν, ώστε το κράτος  να γίνει κόμβος διαμετακομιστικού εμπορίου. Το εμπόριο άνθιζε, αν και Γενουάτες και Βενετοί δε δίσταζαν να μεταφέρουν τη λύση των διαφορών τους στην Τραπεζούντα, χωρίς να λογαριάζουν την οικονομία της πόλης. Γενικά το εμπόριο απέφερε μεγάλα έσοδα και οδήγησε στη γένεση γενουατικών και βενετικών εμπορείων στον Πόντο. Η αυτοκρατορία βρισκόταν συχνά στο επίκεντρο των επαφών Ανατολής-Δύσης ως σταυροδρόμι πολιτισμών, ενώ διατηρούσε σχέσεις και με τη Ρωσία. Ο πολιτισμός της ήταν ελληνικός (βυζαντινός) με δάνεια στοιχεία από τους πολιτισμούς του Καυκάσου. Η αυτοκρατορική βυζαντινή παράδοση παρέμενε πάντα ισχυρή και η οργάνωση της εκκλησίας ακολουθούσε τα πρότυπα της Κωνσταντινούπολης. Η οργάνωση της αυλής ακολουθούσε επίσης βυζαντινά πρότυπα. Η βάση του καθεστώτος αποτελούταν από τον δήμο και τη σύγκλητο της Τραπεζούντας, καθώς και από τον Στρατό.

Η αυτοκρατορία της Τραπεζούντας ήταν κατόρθωμα του μικρασιατικού ελληνισμού, που μπόρεσε να επιζήσει δυόμισι αιώνες και να γίνει γέφυρα μεταξύ Ευρώπης και Ασίας. Διατήρησε την πολιτιστική της ταυτότητα, που μεταδόθηκε από γενιά σε γενιά, κρατώντας ζωντανές την ορθοδοξία, την ελληνική γλώσσα και τη βυζαντινή παράδοση σε μια Μικρά Ασία που βρισκόταν σε μόνιμη αναστάτωση και που άλλαζε γλωσσικά και πολιτισμικά, εξαιτίας των αλλεπάλληλων κυμάτων των αλταϊκών εθνών που εισέρχονταν σε αυτήν.