Ένας από τους παράγοντες, ο οποίος επιδρά στην πορεία ενός λαού στην ιστορία, είναι ο χώρος στον οποίο ζει και δραστηριοποιείται. Συνεπώς, είναι σημαντική στην προσπάθεια κατανόησης των γεγονότων, τα οποία αφορούν στην ιστορία των Ελλήνων του Ευξείνου Πόντου, η εξέταση της γεωγραφίας του.

Ο Εύξεινος Πόντος είναι μία κλειστή θάλασσα μεταξύ της Ευρωπαϊκής και της Ασιατικής ηπείρου, η οποία επικοινωνεί με το Αιγαίο Πέλαγος μέσω του Βοσπόρου. Σύμφωνα με γεωλογικές και ωκεανολογικές μελέτες, ο Εύξεινος Πόντος κατά την εποχή του Ολόκαινου ήταν μια κλειστή λίμνη γλυκού νερού το μέγεθος της οποίας ήταν κατά ένα τρίτο μικρότερο του σημερινού. Η μετατροπή της Νεοευξείνειας λίμνης σε θάλασσα και η ένωσή της με το Αιγαίο μέσω των στενών του Βοσπόρου ξεκίνησε μετά την τελευταία εποχή των Παγετώνων και οφείλεται, σύμφωνα με τη σύγχρονη έρευνα, στο λιώσιμο των πάγων και στην εισροή μεγάλου όγκου νερού από τους ποταμούς. Πότε ακριβώς και με ποιόν ακριβώς τρόπο ολοκληρώθηκε η διαδικασία μετατροπής της λίμνης σε θάλασσα παραμένει αδιευκρίνιστο. Το φυσικό φαινόμενο έχει, ωστόσο, γενικά τοποθετηθεί χρονολογικά στη Νεολιθική Εποχή. Οι συνέπειες της υπερχείλισης της Νεοευξείνειας λίμνης ήταν καταστροφικές για τις παράκτιες νεολιθικές εγκαταστάσεις και προκάλεσαν μεγάλες μετακινήσεις πληθυσμού στην ενδοχώρα.

Η ανάμνηση της υπερχείλισης της Νεοευξείνειας λίμνης οδήγησε στη δημιουργία των μύθων περί κατακλυσμού. Το φαινόμενο ήταν τέτοιου μεγέθους, ώστε επηρέασε όλους τους λαούς που κατοικούσαν στην περιφέρεια της λίμνης. Ειδικότερα, στη Βίβλο απαντά η αφήγηση της ιστορίας της κιβωτού του Νώε, οι Βαβυλώνιοι συνέθεσαν το έπος του Γκιλγκαμές, ενώ στη μυθολογία των Ελλήνων έχει περιληφθεί ο μύθος του Δευκαλίωνα.

Η μετατροπή του Ευξείνου Πόντου από κλειστή λίμνη σε θάλασσα αναφέρεται στην αρχαία ελληνική γραμματεία. Ο Διόδωρο Σικελιώτη καταγράφει την υπερχείλιση της Νεοευξείνειας λίμνης, η οποία είχε σαν αποτέλεσμα τη βύθιση των παραλίων του Ευξείνου Πόντου και προκάλεσε καταστροφές ακόμη και στη Σαμοθράκη, όπου οι κάτοικοι αναγκάστηκαν να μεταφέρουν τις παράλιες εγκαταστάσεις στην ενδοχώρα της νήσου. Κατά διαστήματα, μάλιστα, οι ψαράδες έβρισκαν στα δίχτυα τους αρχιτεκτονικά μέλη, τα οποία σύμφωνα με τον συγγραφέα, προέρχονταν από κτήρια των βυθιζόμενων πόλεων του Ευξείνου Πόντου, τὸ γὰρ ἐν τῷ Πόντῳ πέλαγος λίμνης ἔχον τάξιν μέχρι τοσούτου πεπληρῶσθαι διὰ τῶν εἰσρεόντων ποταμῶν, μέχρι ὅτου διὰ το πλῆθος παρεκχυθὲν τὸ ῥεῦμα λάβρως ἐξέπεσεν εἰς τὸν Ἑλλήσποντον καὶ πολλὴν μὲν τῆς Ἀσίας τῆς παρὰ θάλατταν ἐπέκλυσεν οὐκ ὀλίγην δὲ καὶ τῆς ἐπιπέδου γῆς ἐν τῇ Σαμοθρᾴκῃ θάλατταν ἐποίησε: καὶ διὰ τοῦτ᾽ἐν τοῖς μεταγενεστέροις καιροῖς ἐνίους τῶν ἁλιέων ἀνεσπακέναι τοῖς δικτύοις λίθινα κιονόκρανα, ὡς καὶ πόλεων κατακεκλυσμένων (Διόδωρος Σικελιώτης, Ιστορική Βιβλιοθήκη V.47.4-5).

Επιπλέον πληροφορίες για τον Εύξεινο Πόντο αντλούνται από τον Στράβωνα, σύμφωνα με τον οποίο ο Πόντος ήταν διθάλαττος. Η παρατήρηση του αρχαίου γεωγράφου δεν απέχει από την πραγματικότητα. Τα κύρια θαλάσσια ρεύματα που επικρατούν στον Πόντο είναι δύο, κινούνται κυκλικά με αντίθετη φορά και καταλαμβάνουν το ένα το δυτικό και άλλο το ανατολικό τμήμα της θάλασσας, χωρίζοντας με αυτό τον τρόπο τὸν Εὔξεινον Πόντον εἰς πελάγη δύο (Στράβων, Γεωγραφία VII.4.3). Τα ρεύματα είναι σταθερά και έντονα και κινούνται σε κοντινή απόσταση από τις ακτές. Το πιθανότερο είναι πως η κίνησή τους προκάλεσε προβλήματα στους πρώτους Έλληνες ναυτικούς, οι οποίοι επιχείρησαν να τον διαπλεύσουν. Ένα από αυτά ήταν η δυσκολία ελλιμενισμού στις ακτές του Ευξείνου Πόντου.

Εκτός της έντονης και αντίθετης κίνησης των ρευμάτων του Ευξείνου Πόντου, την πλεύση και πρωτίστως την είσοδο σε αυτόν, μέσω του Βοσπόρου, δυσχεραίνουν, επιπλέον, η ομίχλη που συχνά καλύπτει τον Ελλησπόντο και περιορίζει την ορατότητα και οι συνθήκες που επικρατούν στα νερά των Στενών. Αυτό συμβαίνει κυρίως κατά τους πρώτους θερινούς μήνες, οπότε ενισχύεται το ρεύμα, το οποίο κινείται από τον Εύξεινο Πόντο προς το Αιγαίο, εξαιτίας της αύξησης της στάθμης της θάλασσας από την έντονη εισροή νερού από τους ποταμούς.

Με την πάροδο του χρόνου, ωστόσο, και την επανάληψη του ταξιδιού οι Έλληνες ναυτικοί απέκτησαν την απαιτούμενη εμπειρία προκειμένου να τιθασεύσουν τα ρεύματα και να εκμεταλλευτούν την κίνησή τους. Σύντομα διαπίστωσαν, για παράδειγμα, πως ο αντικυκλώνας που δημιουργεί η αντίστροφη κίνηση των ρευμάτων ευνοεί την πλεύση από τις νότιες προς τις βόρειες ακτές. Η εμπειρία της πλεύσης στον Εύξεινο Πόντο συνέτεινε τελικά στην εκμετάλλευση της κίνησης των ρευμάτων και στην ανάπτυξη του θαλάσσιου δικτύου επικοινωνίας μεταξύ των παράκτιων πόλεων.

Οι έντονοι άνεμοι και τα ρεύματα του Ευξείνου Πόντου συνετέλεσαν στη διάβρωση της ακτογραμμής, κυρίως κατά μήκος των νοτίων παραλίων, στον διαμελισμό της και τη διαμόρφωση πολλών εγκολπώσεων και ακρωτηρίων. Η τραχιά διαμόρφωση των ακτών συνέτεινε στην ύπαρξη λίγων μόνο φυσικών λιμανιών. Οι θέσεις αυτές, όπως για παράδειγμα το διπλό φυσικό λιμάνι της χερσονήσου του Πόδαρπα, όπου ιδρύθηκε η Σινώπη, δέχθηκαν τις πρώτες εγκαταστάσεις των Ελλήνων αποίκων, οι οποίοι πιθανώς έφθασαν στον Εύξεινο Πόντο δια θαλάσσης.

Παρά τις δυσκολίες του ναυτικού ταξιδιού οι Έλληνες φαίνεται πως επέλεξαν να φθάσουν στον Εύξεινο Πόντο δια θαλάσσης. Στην επιλογή της θαλάσσιας οδού πιθανώς ώθησε τους Έλληνες ο αποκλεισμός των παραλίων από τις Ποντικές Άλπεις. Η οροσειρά, η οποία δεσπόζει στη χερσόνησο της Ανατολίας αποκτά μεγάλο υψόμετρο σε μικρή απόσταση από την ακτή. Οι Ποντικές Άλπεις εκτείνονται παράλληλα προς την ακτογραμμή και διαμορφώνουν το έντονο γεωγραφικό ανάγλυφο του Πόντου. Το μεγάλο υψόμετρο και οι δύσβατοι ορεινοί όγκοι αποτελούν φυσικό όριο μεταξύ της στενής παράκτιας ζώνης και της ενδοχώρας. Οι ποταμοί που τέμνουν κάθετα τις Ποντικές Άλπεις, οι μεγαλύτεροι από τους οποίους είναι ο Σαγγάριος, ο Παρθένιος, ο Άλυς, ο Θερμώδων, ο Μελάνθιος, ο Χαρσιώτης και ο Ίρις και οι παραπόταμοί του, Σκύλακας και Λύκος, δεν ήταν πλωτοί σε όλο τους το ρου. Οι χαράδρες και οι κοιλάδες, ωστόσο, που δημιουργούνται κατά μήκος του ρου τους, τα οροπέδια της ενδοχώρας και το χαμηλό ανάγλυφο ορισμένων περιοχών επέτρεψαν σταδιακά την ανάπτυξη ενός χερσαίου δικτύου επικοινωνίας των ακτών με την ενδοχώρα του Πόντου.